Správa Referencí s BibTeX v R Markdown - Krátký Průvodce
R Markdown je vynikající nástroj pro vytváření replikovatelných zpráv, článků, prezentací a dalších dokumentů. Jednou z vlastností, která dělá R Markdown tak silným nástrojem, je jeho schopnost integrace s dalšími nástroji a softwarem. Jedním z těchto nástrojů je BibTeX, systém pro správu referencí pro dokumenty LaTeX. BibTeX umožňuje snadné citování zdrojů ve vašem dokumentu a vytváření bibliografie.
Krok 1: Vytvoření .bib souboru a přidání záznamů
Section titled “Krok 1: Vytvoření .bib souboru a přidání záznamů”Stejně jako v předchozí části začneme vytvořením .bib souboru, například bibliography.bib, který poté naplníme BibTeX záznamy. BibTeX záznamy jsou konstruovány v následujícím formátu a obsahují dostatečné informace pro citování a zahrnutí do bibliografie pro každý literární zdroj (kniha, esej, atd.).
Používáme příklad z předchozí části a citujeme knihu “Stařec a moře” od Ernesta Hemingwaye. Záznam vypadá takto:
@book{Hemingway1952, title={Stařec a moře}, author={Hemingway, Ernest}, year={1952}, publisher={Charles Scribner's Sons}}Opět se podívejme na “anatomii” tohoto záznamu a zaměříme se na tři komponenty, abychom pochopili, jak je každý BibTeX záznam definován:
- Typ záznamu: s
@bookdefinujeme typ podle schématu@typereference. Možné jsou například@articlepro vědecké články a další. BibTeX ráda specifikuje, které pole jsou volitelné a které povinné pro jejich správné uvedení v literatuře. - Pole záznamu: v případě našeho příkladu
@bookjsou totitle,author,yearapublisher. (Viz pole) - Citace klíč: v našem příkladu je to
Hemingway1952a používá se k označení citace v textu v LaTeXu, tj. k odkazu na zdroj. V R Markdown to děláme pomocí[@Hemingway1952]. Citace klíč může být jakýkoli řetězec - často kombinace autora, roku a slova z názvu.
Krok 2: Vytvoření dokumentu R Markdown a propojení
Section titled “Krok 2: Vytvoření dokumentu R Markdown a propojení”Integrace BibTeX s R Markdown je velmi jednoduchá. Stačí specifikovat bib-file s bibliography: bibliography.bib v YAML a citaci s [@Hemingway1952] na místě, kde chcete, aby se citace v textu objevila.
---title: "BibTeX citace v R Markdown"author: "John Doe"date: '2022-07-19'bibliography: bibliography.biboutput: html_document---
## BibTeX citace v R Markdown
Lorem ipsum dolor sit amet, consectetur adipiscing elit.Praesent enim urna, dapibus et bibendum vel, consectetur et turpis.Cras a molestie nulla. [@Hemingway1952]Nástroje pro správu referencí
Section titled “Nástroje pro správu referencí”Ruční formátování BibTeX souborů může být únavné, proto se obecně doporučuje používat nástroj pro správu referencí. Zde jsou některé, které jsou pro to ideální:
- CiteDrive je nástroj pro správu referencí a citací založený na BibTeX, který je kolaborativní a cloudový. Nabízí export jedním kliknutím do Overleaf (Viz blogový příspěvek Overleaf - https://www.overleaf.com/blog/citedrive… | CiteDrive-Easy Reference Management for Overleaf) spolu s R Markdown (Viz příspěvek na Medium: Správa Bibliografie v R Markdown s CiteDrive a RStudio), přičemž citace jsou synchronizovány.
- Zotero je zdarma dostupný, open-source nástroj pro správu literatury, který spravuje bibliografická data a související výzkumné materiály (například PDF soubory). Nejlepší výkon pro BibTeX v Zotero je dosažen s Better BibTeX For Zotero od retorque.
- Zdarma a open-source software JabRef je správce referencí podporující BibTeX, který běží na Windows, Mac a Linux. Je založen na Javě a je udržován JabRef e.V.