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Gestion des Références avec BibTeX, en Utilisant R Markdown -- Un Guide Rapide

R Markdown est un excellent outil pour créer des rapports, des articles, des présentations reproductibles, et plus encore. L’une des choses qui rend R Markdown si puissant est sa capacité à s’intégrer à d’autres outils et logiciels. L’un de ces outils est BibTeX, un système de gestion des références pour les documents LaTeX. BibTeX vous permet de citer facilement des sources dans votre document et de créer une bibliographie.

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Étape 1 : Créer un fichier .bib et ajouter des entrées

Comme dans la section précédente, nous commençons par générer un fichier .bib, tel que bibliography.bib, qui est ensuite rempli avec des entrées BibTeX. Les entrées BibTeX sont construites dans le format suivant et contiennent suffisamment d’informations pour la citation et l’inclusion dans la bibliographie de chaque source littéraire (livre, essai, etc.).

Nous utilisons l’exemple de la section précédente et citons le livre “Le Vieil Homme et la Mer” d’Ernest Hemingway. L’entrée ressemble alors à ceci :

@book{Hemingway1952,
title={Le Vieil Homme et la Mer},
author={Hemingway, Ernest},
year={1952},
publisher={Charles Scribner's Sons}
}

Encore une fois, nous décortiquons “l’anatomie” de cette entrée, en examinant trois composants pour comprendre comment chaque entrée BibTeX est définie :

  • Type d’entrée : avec @book, nous définissons le type selon le schéma @type de la référence. Les types possibles sont @article pour les articles scientifiques et autres. BibTeX aime spécifier quels champs sont optionnels et lesquels sont requis pour les indiquer correctement dans la littérature.
  • Champs d’entrée : dans le cas de notre exemple @book, ceux-ci sont title, author, year et publisher. (Cf. champs)
  • Clé de citation : dans notre exemple, il s’agit de Hemingway1952 et est utilisé pour indiquer une citation dans le texte en LaTeX, c’est-à-dire pour se référer à la source. Dans R Markdown, nous faisons cela avec [@Hemingway1952]. La clé de citation peut être n’importe quelle chaîne - souvent une combinaison d’auteur, d’année, et d’un mot du titre.

Étape 2 : Créer un document R Markdown et se connecter

Intégrer BibTeX avec R Markdown est très simple. Il vous suffit de spécifier le fichier bib avec bibliography: bibliography.bib dans YAML et la citation avec [@Hemingway1952] à l’endroit où vous souhaitez que la citation dans le texte apparaisse.

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title: "Références BibTeX dans R Markdown"
author: "John Doe"
date: '2022-07-19'
bibliography: bibliography.bib
output: html_document
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## Références BibTeX dans R Markdown
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Praesent enim urna, dapibus et bibendum vel, consectetur et turpis.
Cras a molestie nulla. [@Hemingway1952]

Gestionnaires de Références

Le formatage manuel des fichiers BibTeX peut être fastidieux, c’est pourquoi il est généralement recommandé d’utiliser un gestionnaire de références. Voici quelques-uns qui sont bien adaptés pour cela :